Și activitatea facultăților de teologie ortodoxă este subordonată ierarhului local. El dă avizul pentru înscrierea la facultate a unui candidat, dar şi pentru ocuparea unui post didactic în cadrul unei facultăți sau departament de teologie ortodoxă în cazul unui cadru didactic.

Potrivit unui comunicat al Ministerului Educației, „reprezentanţii Patriarhiei Române/ai centrelor eparhiale pot participa cu statut de invitat la activităţile de inspecţie şcolară. Un alt aspect reglementat de prezentul acord îl reprezintă încadrarea personalului didactic pe catedre de religie - cultul ortodox în unităţi de învăţământ preuniversitar. Astfel, încadrarea se face cu avizul scris al chiriarhului (binecuvântare), iar retragerea motivată a acestui aviz duce la încetarea de drept a contractului individual de muncă, conform legislaţiei în vigoare”.