Ochoa a fost inculpat pentru prima dată în SUA pentru presupusul său rol în uciderea în 1986 a informatorului Administrației de Combatere a Drogurilor (DEA), Barry Seal – a cărui viață a fost popularizată în filmul din 2017 „American Made”, cu Tom Cruise în rol principal.

El a fost arestat inițial în 1990, în Columbia, în cadrul unui program guvernamental care promitea că baronii drogurilor nu vor fi extrădați în SUA. La acea vreme, el se afla pe lista americană a celor mai căutați traficanți de droguri din Columbia.Ochoa a fost arestat din nou și extrădat în SUA în 2001, ca răspuns la un rechizitoriu din Miami, care îl numea pe el și peste 40 de persoane ca parte a unei rețele organizate de contrabandă de droguri. Dintre aceștia, Ochoa a fost singurul care a optat pentru a merge în judecată, rezultând condamnarea sa la 30 de ani de închisoare. Ceilalți inculpați au primit pedepse de închisoare mult mai ușoare pentru că cei mai mulți dintre ei au cooperat cu guvernul.Richard Gregorie, un fost procuror-adjunct al SUA, care a făcut parte din echipa de urmărire penală care l-a condamnat pe Ochoa, a spus că autoritățile nu au reușit niciodată să pună sub sechestru toate veniturile din droguri ilicite ale familiei Ochoa și că se așteaptă ca acesta să aibă parte de o primire călduroasă acasă.