Teodor Atanasiu are o relaţie tensionată cu preşedintele Traian Băsescu încă din timpul guvernului condus de Călin Popescu Tăriceanu.

Ministru al Apărării pe atunci, Teodor Atanasiu a susţinut public retragerea militarilor români din Irak. Liberalul a intrat în conflict şi cu Adriana Săftoiu, purtătoare de cuvânt a preşedintelui la acea dată şi s-a ales cu o plângere penală pentru abuz în serviciu. Urmarea: în septembrie 2006 Traian Băsescu l-a suspendat din funcţia de ministru.

În compensaţie, Călin Popescu Tăriceanu l-a numit pe Teodor Atanasiu preşedintele la AVAS, instituţia cheie în procesul de privatizare. În timpul mandatului de doi ani de la AVAS, liberalul a semnat privatizarea SC Electroputere Craoiva, preluată de un grup arab.

Privatizarea societăţii a fost însă un eşec, pentru că Electroputere valorează în prezent aproape jumătate de milion de euro, în condiţiile în care în 2007, la privatizare, avea o valoare de piaţă de aproape 50 de milioane de euro.