În 1999, Curtea Supremă de Justiţie l-a reabilitat, după ce a anulat cele două condamnări, iar în 2005 Serviciul de Informaţii Externe i-a redat gradul de general locotenent în rezervă.

Ca cetăţean american, generalul Pacepa a furnizat administraţiei SUA informaţii despre serviciile secrete din România, dar şi din fosta URSS.

„Noi ne-am dori ca el să vină fizic în România, dar vom evalua şI posibilitatea unui dialog la distanţă, fie printr-o videoconferinţă, fie ca cineva să meargă acolo şI să aibă acest dialog cu domnia sa. Există tot felul de temeri privind securitatea sa fizică şi atunci aceste întrebări fără răspuns nasc o serie de riscuri”, a declarat, la Digi24, Andrei Muraru, președintele executiv al Institutului de Investigare a Crimelor Comunismului şi Memoria Exilului Românesc.